Na Uniwersytecie w Amsterdamie, gdzie jest profesorem, kieruje katedrą badań nad problemami wielkich miast. Rozgłos przyniósł mu esej „Dramat multikulturalizmu” z 2000 roku. Rozprawił się w nim z holenderskim mitem społeczeństwa otwartego, w którym koegzystują przedstawiciele różnych religii i tradycji.
„Konflikty są oznaką integracji, próbą życia ze sobą, nie obok.”
Wykazał w nim, że fałszywie rozumianą tolerancję powinna zastąpić idea równości i stosowanie przez demokratyczno-liberalne państwo tych samych zasad wobec wszystkich. Ten temat rozwijał m.in. w książce „Druga ojczyzna. Imigranci w społeczeństwie otwartym” (wydanie polskie 2010 r.), pisząc tym razem w szerokim, historyczno-socjologicznym kontekście, nie tylko o emigrantach w Holandii, ale w całym świecie zachodnim. „Poszukiwanie modelu współżycia wymaga od nas przede wszystkim krytycznego spojrzenia na nas samych – zauważał – bowiem droga do niego wiedzie nie przez zdradę ideału społeczeństwa otwartego, lecz przez coraz wierniejszą jego realizację”.
Scheffer studiował filozofię, socjologię oraz nauki polityczne. Kształcił się na Uniwersytecie w Nijmegen, a także w Paryżu oraz w Amsterdamie. W latach 80. był korespondentem prasowym w Paryżu i Warszawie. W 1986 roku zaczął pracę w Fundacji Wiardiego Beckmana, intelektualnym zapleczu Partij van de Arbeid (PvdA), holenderskiego ugrupowania socjaldemokratycznego. Scheffer do dziś jest wpływowym członkiem PvdA.
Od 1992 roku drukuje swoje komentarze w prasie holenderskiej, głównie w dzienniku „NRC Handelsblad”, oraz zagranicznej: „Die Zeit”, „Frankfurter Allgemeine Zeitung”, „Le Monde des Debats”, „El País”, „Politiken” czy „Tagesanzeiger”. Zajmują go problemy związane z modelem wielokulturowej Europy, migracjami, integracją ze społeczeństwem otwartym czy redefinicją pojęcia obywatelskiej wspólnoty.
